El SAI tiene como finalidad permitir una coordinación efectiva de los órganos e instituciones que lo conforman, para así fortalecer la integración andina, promover su proyección externa y consolidar la CAN.
Los órganos e instituciones del Sistema se rigen por el Acuerdo de Cartagena, sus respectivos tratados constitutivos y sus protocolos modificatorios. Los representantes del SAI se reúnen una vez al año.
Las reuniones tienen por objeto, principalmente intercambiar información sobre las acciones desarrolladas para dar cumplimiento a las Directrices del Consejo Presidencial Andino y coordinar actividades conjuntas que permitan el logro de sus objetivos.
Dichos encuentros son convocados y presididos por el presidente del Consejo Andino de Ministros de Relaciones Exteriores. La Secretaría General de la CAN actúa como Secretaría Técnica de la reunión.
Consejo Presidencial Andino, Consejo Andino de Ministros de Relaciones Exteriores, Comisión de la Comunidad Andina.
Tribunal de Justicia, Parlamento Andino, Secretaría General, CAF-Banco de Desarrollo de América Latina, Fondo Latinoamericano de Reservas, Organismo Andino de Salud – Convenio Hipólito Unanue, Universidad Andina Simón Bolívar, Convenio Sociolaboral Simón Rodríguez.
Consejo Consultivo Empresarial, Consejo Consultivo Laboral, Consejo Consultivo de Pueblos Indígenas, Consejo Consultivo Andino de Autoridades Municipales.